Томас Андерсон — известный разработчик компьютерных игр о Матрице, который живет в Сан-Франциско, регулярно посещает психотерапевта и принимает синие таблетки. Тем не менее мужчина, все чаще замечающий странности в окружении и испытывающий дежавю, начинает вспоминать обрывочные детали из своего прошлого, которые только усиливаются после встречи с женщиной по имени Тиффани, кажущейся ему знакомой. Запертый в виртуальном мире, постепенно главный герой находит в себе силы вырваться из матрицы, чтобы вновь возглавить человечество в войне с машинами.