События разворачиваются в 17 веке в Японии. Португальский священник-иезуит Алессандро Валиньяно получает известие о том, что Отец Феррейра, находящийся в Японии, отказался от веры после пыток. Двое его учеников (Отцы Родигес и Гарупе), не веря в то, что их наставник мог на это пойти, отправляются в экзотическую страну, чтобы отыскать своего учителя. По прибытии в японскую деревню Томоджи, главные герои с ужасом узнают, что христиане здесь подвергаются гонениям. Некий самурай, известный как «Инквизитор», охотится на всех, кого «подозревают в христианстве», прибивает к деревянному кресту, который вкапывают в океане. Затем мертвеца кремируют, чтобы его нельзя было похоронить по-христиански. Гарупе покидает деревню, считая, что их присутствие навлечет беду на ее жителей. Родригес отправляется на остров, где жил преподобный Феррейра, и обнаруживает лишь развалины. В ходе поисков главный герой встречает старого самурая, ранее сопровождавшего «Инквизитора», который настоятельно рекомендует иезуиту отказаться от своей веры, иначе все пленные христиане в Японии будут подвергаться пыткам и мукам до смерти, потому что католическая догма предана анафеме в этой стране...