В центре внимания второго сезона сериала "Люди-ящеры" оказывается продолжение нашумевшей истории о инопланетном захвате Земли представителями другой расы. Эти существа прибыли из глубокого космоса. Они смогли изучить людей, смогли понять, как функционирует организм, поэтому без особых проблем подстроились под местные реалии. Инопланетяне уже среди нас. Они выглядят как простые люди и ведут себя точно так же. Правда, за человеческой кожей скрываются рептилии, которые готовы начать атаку в любую минуту. Когда человечество оказывается на грани вымирания, то собирается организация, которая готова сопротивляться инопланетным ящерам.