Сюжет сериала «Игра Джокера» разворачивается вокруг тайного учреждения, в котором происходит обучение шпионским навыкам. Это секретное формирование носит название «Агентство Д». Основоположником данной организации является подполковник Юки, который раньше был опытным и хладнокровным агентом. Теперь он решил передать свой опыт, свои навыки и знания молодому поколению шпионов.
Здесь обучается молодежь из разных стран. Но скоро Юки предстоит выбрать из общего числа участников самых достойных, и это будет лишь несколько ребят.
Эти ученики пройдут строгий и жесткий отбор, в ходе обучения их подвергнут нешуточным и тяжелым испытаниям. Наряду с изучением нескольких иностранных языков им придется усваивать точные науки, принимать опыт от бандитов и даже учиться искусству искушения.