У Кобато есть цель – она пришла в мир, чтобы исполнилось ее самое заветное желание. Но такое ответственное стремление требует от главной героини выполнения особых заданий. Людям она должна помогать, облегчая их переживания. Таким образом, Кобато способна забирать у других плохие эмоции. Весь негатив она заключает в особую бутылочку. Только, когда бутылочка станет полной, желание доброй девочки исполнится.
В помощь девушке на Землю направили наставника. Однако, он за свои провинности, был превращен в игрушку. Девушка продолжает делать всё возможное, чтобы заполнить бутылку негативными эмоциями. Ей в исполнении заветного желания мешает только собственная инфантильность. Поэтому Кобато достаточно сложно общаться с обычными людьми, часто не понимающими девушку.
Наставник старается помочь девушке в исполнении всех заданий, но из подобных стремлений зачастую получаются новые комичные ситуации.