Мэдака продолжает упорно трудиться, выполняя различные пожелания учеников Хаконивы. Она все еще верит в свое предначертание: дарить людям счастье. Теперь у нее уже три помощника – все тот же Дзэнкити, друг детства, юноша Коки, влюбленный в Мэдаку, и счетовод Могана. Постепенно ребята начинают догадываться, что разворошили «осиное гнездо»: кому-то в школе очень не нравится их бурная деятельность, появляются даже записки с угрозами. Да и местные разбойники, которых хватает и в элитной школе, тоже не дают спокойно жить. Почувствовав, что в академии творится нечто странное, друзья начинают распутывать загадочный клубок из полунамеков и непонятных событий, которые происходят вокруг.
К середине второго сезона герои вплотную приближаются к разгадке: оказывается, что знаменитая школьная башня служит иным учебным целям и является секретной лабораторией. Здесь воплощается «Проект Икс» – проводятся опыты, и вырабатывается специальная вакцина для создания сверхчеловека. Препарат регулярно проходит тестирование. Мэдака узнает страшную правду: вакцину будут испытывать на самых талантливых учениках, при этом почти все могут погибнуть. Теперь у девушки появилась новая цель – сорвать ужасный план неизвестных злоумышленников, проникнуть в башню и разрушить лабораторию.