В этом сезоне будут, наконец, восстановлены многие пробелы, возникшие в сюжетной линии прошлых эпизодов. Межгалактическая война Добра со Злом в разгаре. Дроиды-сепаратисты теснят армии клонов. Находясь в царстве мертвых, мастер Квай-Гон Джинн контактирует с гранд-мастером Йодой: тот должен раскрыть секреты истинной силы ситхов, посетив их древнюю родину. Сможет ли Йода, герой мультсериала, победить Сидиуса? Зрители узнают, как Энакин стал темным лордом, почему погибла его жена, и кто из лютых врагов джедаев все же смог их разгромить. Осталась ли надежда у рыцарей Республики?