С нами снова наши любимые герои из старого комикса, описывающего историю четырех черепашек мутантов. Наши герои сражаются на стороне добра, за справедливость и светлое будущее. В своей цели им помогает их учитель Сплинтер, человек, который был превращен в человекообразную крысу. У Сплинтера есть кровный враг, это Шредер, он хочет завоевать город и подчинить его себе. Разумеется, он не хочет мирной жизни, ему нравится жить в хаосе среди преступного мира. Для воплощения своей мечты он создает собственный клан ниндзя под названием Фут, и оправляет своих солдат на улицы города, что бы они творили зло и совершали преступления. Только черепашки могут все это остановить.