Картина «Вариант «Омега» основан на документальных материалах, посвященным действиям советских разведчиков в годы Великой Отечественной войны. События фильма разворачиваются в 1942 году в оккупированным немцами Таллине. Сюда прибыл контрразведчик майор Абвера барон Георг фон Шлоссер, советской разведке стало известно о его прибытии в Таллин, необходимо выяснить цель его приезда в Эстонию. Старшего лейтенанта Сергя Николаевича Скорина недавно вернувшегося с задания из Германии отправляют на разведку. По легенде он немецкий офицер Пауль Кригер, получивший ранение и приехавший в отпуск, чтобы повидаться с невестой. Чтобы сблизиться с Шлоссером, Сергей разрабатывает «вариант «Омега», и идет на рискованный шаг – позволяет себя разоблачить, чтобы Шлоссер попытался его завербовать и сделать своим агентом…