Человечество под угрозой. Страшная катастрофа обрушивается в очередной раз на Землю. "Второй удар" уносит миллионы жизней, а восстановлению многие города просто напросто не подлежат. Ужасные бедствия и печальные последствия подкрепляются ещё и неожиданно развернувшейся войной с Ангелами. Сюжет концентрируется на истории Икари Синдзи, молодого человека, который продолжит дело отца-военного. Парень попадает на секретную базу, где начинает тренировки, будучи курсантом-пилотом. Здесь Икари впервые опробует себя на Евангелионе, потрясающем роботе, который неожиданно в руках главного персонажа полностью раскрывает огромный потенциал!