Проект "База Куантико" представляет новые эпизоды и продолжает историю молодых агентов, поступивших на службу на секретную базу ФБР, расположенную в одном из крупнейших штатов США. Главой этого объекта является Миранда Шоу, женщина, ставшая первой представительницей слабого пола на столь значимой должности. Ей помогает Лиам О Коннор, занимающий должность государственного советника. База собирает по всей стране талантливых и способных молодых людей, которых можно превратить в агентов, проведя с ними долгие и упорные тренировки. Неожиданная весть о том, что один из новобранцев может быть причастен к террористическому акту, не дает покоя ни руководству, ни рекрутам.