Человечество на грани вымирания после труднообъяснимой глобальной катастрофы, произошедшей пятнадцать лет назад. Но самые суровые испытания только начинаются: планета подвергается атаке таинственных и устрашающих исполинов, именуемых «Ангелами». Никто не знал, откуда они взялись и как им противостоять, пока в бой не вступили «Евангелионы», роботы-воплощение гениальных достижений биоинженерии. Гигантскими машинами могут управлять лишь несколько пилотов, «сливаясь» разумом и полностью синхронизируя свои биометрику с ними.

Секретная база «Евангелионов» находится под столицей Японии, именуемая Токио-3 и принадлежащая организации «NERV», которая возложила на себя миссию по спасению Земли от внешнего вторжения. Уникальные пилоты Рей, Аска и Синдзи находятся в довольно запутанных и сложных отношениях друг с другом, но только от их слаженной работы зависит будущее оставшихся в живых жителей планеты и объяснение появления и целей вселяющих ужас «Ангелов».