Действия фильма разворачиваются в 1938 году. Некий бизнесмен Уолтер Донован сообщает герою, что у него есть каменная табличка способная дать подсказку, где искать Святой Грааль. Вот только оказывается, что она серьезно повреждена, и чтобы ее прочесть придётся немного постараться. К счастью, как раз в это самое время, в руки Джонса попадает дневник его отца, который также археолог и просто был помешан на поисках того самого Святого Грааля. Так получилось, что они практически не общались, и Индиане неизвестно, насколько близко Генри Джонс старший подошел к разгадке этой тайны. Благодаря записям отца, профессору Джонсу удается восстановить надпись на табличке, и в скором времени он встречается с ним самим. И все бы ничего, если бы за Граалем охотились только они, однако древняя реликвия так же вызывает большой интерес у нацистов, которые не остановятся ни перед чем в достижении своей цели.