Спустя годы после того, как он стал свидетелем безжалостного убийства родного отца, Снейк Айз работает бойцом в клетке. Однажды к нему обращается Кента, который предлагает Снейку взяться за сложное дело, обещая, что он поможет найти убийцу его отца. Во время выполнения задания главный герой спасает жизнь Томми Арашикаге, который оказывается членом могущественного преступного клана в Японии. Томми полон решимости превратить Снейка в своего лучшего воина, однако сперва бойцу предстоит пройти три сложнейших испытания…