События разворачиваются в 1878 году в эпоху Мэйдзи в Японии. В центре сюжета — история бродяги по имени Химура Кэнсин, который в прошлом был известным ассасином Хитокири Баттосаем — первоклассным убийцей, чья катана отправила на тот свет множество людей. После очередной войны Хитокири решает оставить свое ремесло и обещает, что больше не убьет ни одно живое существо. Он путешествует по стране в поисках тех, кому он смог бы помочь, чтобы хоть немного искупить свои грехи.