Действие разворачивается в 1947 году вокруг десятилетней сироты Мэри Ленокс, которую отправляют жить к её богатому дяде Арчибальду Крейвену в провинциальной Англии. Дядя строго запрещает девочке выходить из комнаты и гулять по огромному особняку. Но однажды героиня обнаруживает потайную дверь, которая ведёт в таинственный сад, а также находит комнату своего двоюродного брата Колина, прикованного к постели. Мэри быстро находит общий язык с мальчиком и отправляется вместе с ним исследовать удивительный сад, где им предстоит совершить невероятные открытия и обрести нового друга, а заодно и найти способ излечить свои разбитые сердца...