Два года спустя, после их последнего боя с жаждущим власти и могущества Шредером, черепашек-мутантов ждет новое путешествие. При помощи магического скипетра, с грязных улиц Нью-Йорка четверка перенесется в феодальную Японию XVII века в провинцию Сингу. В современном Нью-Йорке, журналистка Эприл О’Нил приходит в гости к своим друзьям Леонардо, Донателло, Рафаэлю, Микеланджело и дарит им скипетр, который она приобрела у антиквара. Прочитав надпись на скипетре, Эприл исчезает, а на ее месте появляется Кеншин – японский князь, восставший против своего отца и заключенный в тюрьму. Четыре черепашки-ниндзя отправляются в XVII век, чтобы освободить Эприл. Присоединившись к их подруге, они сделают все, чтобы вернуться в свое время, попытавшись предварительно помочь юной княгине Митсу, спасти средневековую деревню, вырвав ее несчастных жителей из лап беспощадного господина Норинага. Фильм "Черепашки-ниндзя 3" (Teenage Mutant Ninja Turtles III) – фильм американо-гонконгского производства, снятый режиссером Стюартом Гиллардом, вышедший в 1993 году. Это заключительная часть трилогии, классифицированная как фильм для детей, в то время, как две предыдущие были гораздо более зрелыми с точки зрения сценария и, скажем так, более жестокими. Внешний вид черепашек изменился, они мало похожи на черепашек их первых двух частей и из комикса: теперь они физически ближе к мультипликационному жанру, чем к реализму предыдущих эпизодов.