Сейсмолог Юдзи Синода был занят изучением землетрясений на востоке Японии, когда неожиданно стал свидетелем возвращения Годзиллы. Монстр принялся за разрушение электростанций, а ученый отправил данные о появлении чудовища начальнику департамента чрезвычайных ситуаций. Но чиновник игнорирует сообщение о монстре, так как занят изучением каменного массива, предположительно инопланетного происхождения. Когда скала взлетает в небо и вступает в противостояние с Годзиллой, собирающимся разрушить атомную электростанцию, в регионе воцаряется хаос...