Капитан Колтер Стивенс оказывается в поезде, в теле другого человека – парня по имени Шон Фентресс. Однако прежде чем он понимает что происходит, взрыв бомбы, заложенной в поезде, уничтожает его.Стивен приходит в себя внутри какой-то капсулы, где с помощью компьютера к нему обращается женщина в военной форме Коллин Гудвин. Она сообщает, что Колтер находится внутри программы «Исходный код», с помощью которой его вселяют в тело человека в последние восемь минут его жизни. Стивенса раз за разом перемещают в тело другого человека, снова и снова он вынужден переживать чужую смерть, пока не найдет кто и где установил бомбу.