Противостояние между людьми и машинами достигает своего апогея: Зион — последний оплот Реального мира, порабощенного Армией машин, ведет активную подготовку к решающему сражению против превосходящих сил противника, имея лишь ничтожные шансы на выживание. Тем временем Нео оказывается в ловушке между «Матрицей» и Реальным миром, хотя его сподвижники полны уверенности в том, что именно он положит конец кровавой войне, но они даже не догадываются о появлении третьей силы, планирующей уничтожить и людей, и машины. Оказавшись в ловушке, защитники Зиона ведут борьбу не только за свои жизни, но и за будущее человечества…