Действия разворачиваются спустя двадцать лет после событий первого фильма, в котором человечеству удалось остановить инопланетное вторжение благодаря отчаянным и самоотверженным действиям кучки храбрецов, сумевших найти уязвимое место во внеземных технологиях.На Земле, до сих пор до конца не восстановившейся после разрушительной атаки пришельцев, выросло новое поколение, полностью освоившее уникальные технологии инопланетян, доставшиеся людям после исследований поверженных кораблей космических захватчиков. Но до сих пор умы гениальных ученых, которые были свидетелями разрушительной войны, не покидает навязчивая мысль о том, что перед гибелью, коварные «космиты» оставили на Земле скрытый маяк, способный привлечь новых непрошенных гостей, но найти его за все это время так и не удалось. Благодаря внеземным технологиям человечество организовали глобальную оборонную систему, способную отслеживать скрытые передвижения в космосе, чтобы иметь возможность заранее подготовиться к вероятному нападению.Девид Левинсон, талантливый ученый, сумевший разработать вирус, отключивший защитное поле инопланетных кораблей, сейчас возглавляет систему противодействия, направленную на борьбу с враждебными пришельцами. Отважный пилот Стивен Хиллер, внесший огромный вклад в победу землян, погиб несколько лет назад при испытании гибридного истребителя, но его сын Дилан решает пойти по стопам отца и становится лётчиком-истребителем, в то время как Патрисия, дочь бывшего президента Томаса Уитмора, также записывается в ряды воздушных бойцов, став на защиту родной планеты.В тот момент никто из наших героев не догадывался, что накануне Всемирного Дня Независимости судьба готовила человечеству новое испытание.