Действия фильма разворачиваются спустя год после событий, происходивших в «Эре Альтрона» – очередном происшествии, угрожавшем гибелью всему миру, в котором непосредственно принимали участие Мстители.Несмотря на то, что отважные герои в который раз спасли человечество от полного уничтожения, американские власти крайне обеспокоены тем, что столкновения Мстителей с врагом никогда не происходили без ущерба для простых граждан, причиняя огромные разрушения городам, забирая невинные жизни людей, оказавшихся по воле случая в эпицентре битвы.Исходя из этого, правительство страны, желая контролировать всех людей, обладающих сверхспособностями и дополнительными возможностями, решает пойти на крайний шаг – вести специальный акт, позволяющий регистрировать супергероев, вынуждая их раскрывать свои подлинные личности, тем самым установить жесткий контроль над действиями защитников человечества.Видя в этом законопроекте нарушение гражданских прав и оскорбление тех светлых идеалов, с которыми он твердо следует по жизни, Стив Роджерс выражает открытое неповиновение новому режиму, собрав вокруг себя группу героев-единомышленников.В то же время Тони Старк, в свою очередь возглавивший остальных героев, которые поддерживают его мнение, видит правильность введения такого порядка и считает, что все их действия должны совершаться под чутким руководством правительства, чтобы избежать ненужных жертв. Вскоре постоянные разногласия приводят к расколу Мстителей, после чего между героями начинается настоящее бескомпромиссное противостояние. Выясняя между собой отношения, наши герои совершенно не догадывались, что таинственный злодей Барон Земо, решив воспользоваться расколом в стане защитников человечества, уже начал воплощать свои коварные замыслы.